El inmueble fue construido por la orden Mercedaria, fundada en el medievo, con características militantes y encaminada a la redención de cautivos, en que sus miembros se ofrecían como rehenes a cambio de los prisioneros de guerra. Su sentido en la Nueva España se perdió casi en su totalidad, convirtiéndose en una de las órdenes que practicaban mayormente la pobreza. Desde su llegada, escogieron los barrios pobres y populosos.
En 1604, fray Pedro de Burgos y fray Alonso García compraron un solar que era de Melchor Pardo y María de Ortega; el Ayuntamiento les donó solares contiguos para hacer templo y convento. Para el año 1736 todavía no se concluía el templo y el convento; se desconoce su fecha del convento. En 1858 y 1859 se usó como cuartel de caballería.
El templo fue renovado el siglo pasado y, en 1908, don Teófanes López modificó el interior a la manera neoclásica.
El antiguo convento pasó a convertirse en escuela oficial.
Las características del monumento son excepcionales desde su ubicación en la ciudad, ya que se orienta de manera inverso al común de los templos de la colonia, (con el altar de espaldas al poniente).
La fachada inconclusa representa uno de los ejemplares barrocos más extraordinarios por el concepto decorativo de las audaces estípites exentas que se lanzan hacia el exterior, siguiendo la escuela de Felipe de Ureña (1747) en el templo de la Compañía en Guanajuato. Es lamentable que el segundo cuerpo no haya sido ejecutado según el proyecto. Conserva aún las extraordinarias puertas de madera labrada.
La planta es de una sola nave, seccionada en cinco cuerpos a partir del acceso; tres de ellos se cubren con bóveda de arista. En el cuarto se desplanta la bella y decorada cúpula con lunetos que, a excepción de la que se encuentra en el Carmen y en Clavijero, es única en la ciudad. El último cuerpo, el del altar, está también cubierto con bóveda de arista.
Los muros de mampostería en el interior fueron despojados de su recubrimiento de cal, sustituyéndose por mezcla con decoración neoclásica. La bóveda de sillares en pañería se subdivide por arcos con nervaduras de cantera.
El templo fue restaurado, después de haber cerrado por daños de sismos en 1985.
La casa cural, que se encontraba altamente deteriorada, fue restaurada por el párroco y los fieles, aumentándose un segundo nivel con el fin de completar los servicios parroquiales.
