DURANTE EL PRIMER TERCIO DEL SIGLO XVIII LOS JESUITAS DECIDIERON DEMOLER EL VIEJO TEMPLO POR SER INSUFICIENTE PARA CONTENER A LAS MULTITUDES QUE OCURRIAN A LOS OFICIOS. DURANTE LA GESTION DEL PADRE IGNACIO MOZARABE COMO RECTOR SE INICIO LA ERECCION DEL NUEVO TEMPLO, CONTANDOSE CON UN AMBICIOSO PROYECTO QUE AMPLIABA EL ESQUEMA DE TRES NAVES DEL PRIMER SE APROVECHO LA SACRISTIA Y PARTE DE LOS MUROS DE LOS COSTADOS DEL VIEJO TEMPLO.
ALGUNOS AUTORES SEÑALAN AL POBLANO JOSE MIGUEL DE SANTA MARIA COMO AUTOR DEL PROYECTO, PERO DIAZ AFIRMA QUE ESTE UNICAMENTE SE ENCARGO DE DIRIGIR LA OBRA; DIAZ SUGIERE COMO AUTOR DE LA COMPAÑIA AL ARQUITECTO ANDALUZ LEONARDO DE FIGUEROA, FALLECIDO EN 1730.
EL TEMPLO SE CONSAGRO EL 28 DE FEBRERO DE 1767 SIENDO OBISPO FRANCISCO FABIAN Y FUERO. POCO DESPUES LOS JESUITAS FUERON EXPULSADOS DE LOS DOMINIOS DEL MONARCA ESPAÑOL. TODAS LAS PROPIEDADES DE LA COMPAÑIA DE JESUS PASARON A MANOS DE LA CORONA. EL INMUEBLE FUE OFRECIDO INICIALMENTE A LOS PADRES DEL ORATORIO DE SAN FELIPE NERI COMO CASA, PERO ESTOS LO RECHAZARON. EN 1770 EL COLEGIO DEL ESPIRITU SANTO Y OTROS QUE TENIA LA COMPAÑIA DE JESUS EN PUEBLA FUERON REUNIDOS EN UNA SOLA INSTITUCION, EL COLEGIO CAROLINGIO.
LAS TORRES SE TERMINARON ENTRE 1804 Y 1812. EN 1821 LOS RETABLOS BARROCOS FUERON DESTRUIDOS Y PARA 1835 YA SE HABIAN TERMINADO LOS ACTUALES.
DESDE EL PUNTO DE VISTA ECLESIASTICO EL TEMPLO PERMANECIO EN MANOS DE LOS JESUITAS DESDE 1888 HASTA 1978, CUANDO FUE CEDIDO AL ARZOBISPADO QUE ACTUALMENTE LO USA COMO AUXILIAR DE LA CATEDRAL PARA ADMINISTRAR EL SACRAMENTO DE LA CONFIRMACION. EL RETABLO PRINCIPAL FUE FABRICADO EN 1927 SEGUN UN DISEÑO DEL ARQUITECTO LUIS G. OLVERA.
