Los agustinos, con licencia de don Vasco de Quiroga, fundaron en 1550 su convento en la ciudad de Valladolid. La obra primitiva de adobe fue sustituida por otra de cal y canto, que estaba terminada en 1626. Correspondió a fray Diego Basalenque, en ese año, poner bóveda y cúpula al templo, así como terminar el claustro bajo, la portería, el dormitorio y el coro.
Fue fray Marcos de la Fuente quien ordenó el claustro alto. La torre, hasta antes de 1744, era la más alta de Valladolid, hasta que la catedral la superó. Fue construida por fray Antonio Flores y terminada por fray Simón Salguero.
En el siglo XVIII se doró el interior y la cúpula. de esa fecha datan la sillería, el facistol y el órgano, todo de nogal. En 1838, el padre maestro Perea remodeló el interior con el gusto neoclásico de la época. En 1856, una calle nueva le quitó la huerta, fraccionándose toda la propiedad.
En 1885, el arquitecto Eduardo Tresmontels realizó un mercado de elegante diseño en la parte correspondiente al atrio.
Al salir los agustinos, se perdió gran parte del acervo pictórico y bibliográfico. En 1930 fue remodelado nuevamente. En 1972 fue demolido el mercado, dejando solo la arquería perimetral y remodelándose en gran parte el convento. Actualmente, el claustro está invadido por estudiantes, ocupando los sacerdotes solo parte de la planta baja.
El conjunto se conforma de nave, claustro, torre y atrio.
El templo es de una sola nave, cubierta con bóveda de cañón interceptada por una cúpula poligonal de ocho gajos, cuatro con lucarnas; carece de tambor.
Los muros son de mampostería. La fachada, de dos cuerpos, es de clásico corte plateresco, de arco de medio punto flanqueado por dos medias pilastras a cada lado; la ventana del coro se remata con un nicho que alberga a San Miguel Arcángel. La torre, de dos cuerpos, construida en el siglo XVII, sustenta el campanario del siglo XVIII, de tres cuerpos, con un cupulín de ocho gajos y una linternilla con una cruz de cantera.
La torre original, ubicada a la derecha de la fachada, es mucho más sencilla y se conserva sin daño alguno.
El interior, decorado con altares neoclásicos, está pintado de blanco y sobredorado con oro de buena calidad.
Aun a pesar del saqueo que ha sufrido con la reforma y ahora con los pseudo-estudiantes, el acervo pictórico es considerable, así como el bibliográfico; ambos se encuentran bajo la custodia del párroco.
El claustro es uno de los pocos que conservan su estructura y disposición, a pesar del grado de abandono y suciedad con que lo tienen. Sería recomendable estimular al Gobierno del Estado para que reubique a los estudiantes y se reintegre el inmueble a un uso más digno.
