La disposición general del templo sigue la forma de cruz latina, el brazo mayor lo ocupa la nave, los brazos laterales dan lugar a sendas capillas y el último brazo aloja al presbiterio.
En la nave se dispuso una bóveda semicilíndrica de cañón corrido, al igual que los brazos pero con lunetos así como el sotocoro, pero su perfil es escarzano, el arco que recibe el borde hacia la nave se apoya en sendas impostas.
El coro alto se cubrió con una bóveda vaída, al igual que en el crucero. A ambos lados del presbiterio, los espacios interiores se complementan; a la izquierda con la sacristía y a la derecha con la capilla del Santísimo, esta de reciente construcción y la cubre un cañón corrido de perfil escarzano.
En el aspecto exterior del templo refleja claramente esta disposición, la portada adopta un lenguaje austero y contenido con acentos de arquitectura popular, combinan elementos aplanados con formas de cantera, en; jambas, arco entablamento y el frontón quebrado, constituye la base formal, arriba una hornacina con la imagen de San José, prosigue con un óculo que disimula un vano cuadrangular sobre el coro, y un remate con cornisas de trayecto sinuoso y escalonado.
Los comienzos del actual templo de San José se originaron en los primitivos métodos de evangelización de las ordenes religiosas, fue una fundación jesuita construida por los habitantes del pueblo de Jalatlaco entre 1588 y 1594.
Resulto afectado por los terremotos de 1603, 1604 y 1608 y destruido por el sismo de 1616 y abandonado por muchos años.
A comienzos del siglo XVIII el obispo Fray Ángel de Maldonado propuso reedificar el templo y construirle un convento anexo.
Se comenzó la obra en 1720 y fue continuado por el vicario capitular Félix Valverde hasta su conclusión en 1728 fecha que coincide con la muerte del obispo Maldonado. El templo fue consagrado bajo su advocación original en junio de ese mismo año con sermones y grandes festejos religiosos.
DESCRIPCIÓN DE LAS PORTADAS:
Portada principal.
El acceso principal está formado por un vano que remata en arco de medio punto formado por dovelas que en su parte frontal tienen canaladuras laterales, su clave pinjante tiene una decoración en relieve de tipo modillón, sus enjutas presentan un acanalado en su perímetro, flanqueando el acceso dos pilastras con canaladuras en sus laterales, rematando en capiteles, la arquitrabe es de tres pequeñas bandas, el friso es liso coronado por un cornisamiento, en la parte superior se aprecia un frontón roto que en su tímpano lleva una hornacina sobre un pequeño cornisamiento, enmarcado por dos pilastras y su entablamento decoradas en su fuste por pequeños rosetones unidos con un cordón, el entorno de la hornacina tiene relieves y en su interior se aloja la escultura de "San José", siguiendo el eje de las pilastras se encuentran dos pináculos, mas arriba se ubica un óculo de forma circular con marco liso, terminando en su interior la ventana del coro en forma cuadrada, terminando el remate de la portada con un "Univerdad de Breslao.
La portada lateral se ubica en el muro lateral lado norte, esta es de un solo cuerpo donde se ubica el acceso formado por un vano que remata en un arco de medio punto formado por dovelas y clave al centro, flanqueando el acceso dos pilastras, rematando en capiteles, su arquitrabe es de tres pequeñas bandas.
Su friso es liso, terminando con un frontón roto que en su timpano se encuentra un repizón donde se ubica la escultura de una virgen alojada e n una hornacina con su remate en forma de concha decorada por pequeños relieves en forma de hojas y pequeños pináculos: siguiendo el eje de las pilastras rematan la portada dos pináculos fabricados con mortero.
