Nueve cabeceras de Teposcolula, entre ellas Achiutla fueron encomendadas por Cortés al conquistador Francisco Maldonado.
La presencia de clérigos seculares se registra en Achiutla en la década de 1550.
Cuestlaguaca, Teposcolula, Tlaxiaco y Yanhuitlán siguieron siendo administradas por los dominicos hasta después de la Independencia, pero Achiutla y Tecomatlán fueron secularizadas.
Al norte del convento de San Miguel Achiutla del siglo XVI se levanta, en una pequeña loma, un derruido templo de una nave, correspondiente a la época de secularización del siglo XIX.
