La capilla de San Sebastián se ubica al surponiente de la parroquia, siguiendo el sistema calpular de los pueblos de ascendencia no purépecha, que siguen los cuatro barrios de Santa Fe. de igual manera, se les conoce como San Sebastián Uno y San Sebastián Dos, nombres que adquirieron según fueron creciendo. En el conocido como Urépati residen los uretes, o viejos del barrio, que ejercían o ejercen el mando tradicional de esa parte de la comunidad; el nuevo barrio, surgido por el crecimiento del anterior, se denomina San Sebastián Tatzepari.
Un terremoto, el 25 de marzo de 1806, lo derribó y la gente volvió a levantarlo. En 1858, otro sismo lo dañó. Hoy la capilla es casi igual a la de San Pedro; no es la misma del siglo XVI y también se ubica en esquina. El paramento exterior se enjarra con adobe pintado en blanco y rojo almagre; el guardapolvo está hecho con cemento, tratando así de evitar la humedad que sube por efecto de capilaridad. El acceso es de arco de concreto en medio punto sobre jambas lisas, con una imposta anástila; está pintado en rojo, continuando el tono del rodapié.
La techumbre es una cubierta de teja sobre la armadura de madera en tijera y fajillas.
La planta es rectangular, con ábside plano, aplanada y pintada en color amarillento; el piso es de ladrillo colocado en petatillo. La nave es de pequeñas dimensiones, 7,50 de largo por 5,30 de ancho; carece de intención artística alguna. El techo, por el interior, es de vigas planas color natural y tablones.
Carece de altar; sobre una mesa sencilla se encuentra la imagen de San Sebastián, de talla popular y color moreno. A su lado vemos un Cristo de caña, de factura indígena, con sus potencias de latón corriente.
