El edificio actual data del siglo XIX, ya que en 1806 casi se destruyó por un terremoto. El 19 de julio de 1858 volvió a dañarse y se reconstruyó, adquiriendo el aspecto que hoy vemos.
La capilla de barrio dedicada a Santo Tomás es la que reviste mayor importancia de las cuatro ubicadas en Santa Fe de la Laguna y data de la fundación del pueblo, aunque el inmueble actual sea de época más reciente. Sus características arquitectónicas y sus dimensiones la diferencian de la arquitectura civil que la rodea; está dedicada al apóstol Tomás. Al igual que los demás barrios, se divide en dos partes: el nuevo y el viejo. El más antiguo es llamado Santo Tomás de Urepati y el más reciente, Santo Tomás de Tatzepati. En los años setenta se usaba para celebrar la fiesta anual del Corpus Christi.
de igual manera que la capilla de San Juan, sirve de remate visual a una calle, formando parte importante del esquema urbano. Se alinea directamente sobre el paño de la calle, protegida solamente por la estrecha banqueta. El paramento es liso y de mayor altura que las casas colindantes; está pintado de blanco, con rojo almagre en los extremos. Se flanquea por pilastras de altas basas con capitel corintio, sobre las que se apoya la cornisa moldurada de remate, cortada en frontón trunco.
El acceso se enmarca por un arco de medio punto con clave resaltada y extradós moldurado; dos impostas anástilas, apoyadas sobre jambas tableradas de base lisa, lo soportan. Sobre él vemos molduras y una esbelta cornisa con dos almenas de perillón y un círculo que enmarca un símbolo que parece ser una corona de espinas.
La nave es de planta rectangular, con ábside poligonal de muros de adobe aplanado al interior. Está pintada con blanco y almagre; el piso es de barro y tiene un plafón de tablones que oculta la armadura a dos aguas de la estructura. En el ábside se encuentra un pequeño altar barroco que más parece un fanal sobre base de madera, con molduras vegetales en oro sobre fondo rojo. En su interior está la pequeña escultura de Santo Tomás. Flanqueándolo, vemos dos magníficos Cristos, ambos de factura popular, uno de los cuales perdió la mitad del rostro por haber anidado ratas en su interior de pasta de caña.
Contrasta la diferencia entre los dos: uno más proporcionado y de mejor factura que el otro, pero ambos de excelente calidad.
