En 1732 Doña Josefa de Bustos y Moya hizo una petición formal a la congregación para que establecieran un colegio en la localidad de Guanajuato. Con las donaciones de esta señora y de otras personas, de inmediato se tramitó la licencia real para la construcción, la cual fue concedida el 20 de agosto de 1744.
El famoso arquitecto Felipe Ureña estuvó a cargo de la construcción y a fines de 1765 quedó concluido el templo que fue estrenado en el año de 1767.
Una vez concluido, el colegio llevo el nombre de "Santísima Trinidad".
El 25 de junio de 1767 se dió la expulsión de los Jesuitas. El templo y el colegio quedaron abandonados durante 27 años hasta que, tras vencer la fuerte oposición presentada por los clérigos guanajuatenses, fueron adquiridos ambos edificios por la real congregación de felipenses de la Santísima Trinidad.
Los religiosos felipenses decidieron ampliar el edificio y aligerar los apoyos del crucero, con lo que provocaron el derrumbe de su cúpula en 1804 y en el transcurso de cuatro años gran parte de las bóvedas; se le restauró en parte en el año de 1813.
Las columnas de la nueva cúpula solo fueron terminadas hasta 1869 y la ultima bóveda se cerro en 1870.
Actualmente el colegio es parte del edificio de la Universidad de Guanajuato, la iglesia se encuentra restaurada en parte, sobre todo su fachada de cantera y la sacristía.
